Начиная с 1994 года, в течение шести лет Международная Соросовская Программа Образования в Области Точных Наук (ISSEP) проводила олимпиады для школьников по математике, физике, биологии и химии. Олимпиада проводилась в три тура. Первый был заочным, условия задач публиковались в приложении к газете «Первое сентября» «Математика», и в течение месяца сотни тысяч школьников изо всех уголков России решали задачи и присылали в оргкомитет свои тетрадки с решениями. Для того чтобы организовать у себя проведение второго, очного тура, любая школа могла подать заявку в оргкомитет, и получить материалы для его проведения. И наконец, на третий, финальный тур приглашались учащиеся, показавшие лучшие результаты на втором туре.

Но в 2000-2001 учебном году, Джордж Сорос свернул свою программу, и седьмая соросовская олимпиада завершилась заочным туром, едва начавшись.

Для олимпиад по физике, химии, биологии это оказалось смерти подобно, а олимпиада по математике «выжила», правда сменила название. Вот что значат российские математические традиции! Эстафету олимпиады по математике принял на себя Международный заочный математический кружок и олимпиада стала называться «Третье тысячелетие». Организатором олимпиады и председателем её жюри является Федотов Валерий Павлович, член-корреспондент Международной Академии информатизации, кандидат физ.-мат. наук. В прошлом, он был членом команды СССР на X Международной математической олимпиаде школьников, где получил золотую медаль.

В апреле 2001 года была проведена первая олимпиада «Третье тысячелетие» (взамен второго тура Соросовской олимпиады) для школьников с 7 по 11 класс. В олимпиаде приняли участие более 45 тысяч школьников из России, Украины, Беларуси, Казахстана, Узбекистана, Грузии, Молдовы, Азербайджана, Латвии, Польши, Венгрии, Израиля, Мексики, США.

В нынешнем 2004 году олимпиада состоялась уже в четвёртый раз. Начиная с 2003 года участие в олимпиаде стали принимать и курганские школьники.